Во 1955 година со одлука на Народниот одбор на општина Прилеп е формиран Народниот музеј. Во почетокот активни се три одделенија: Одделение за археологија, Одделение за Историја и Одделение за етнологија. Со тек на време се формираат и сите останати денес активни одделенија.

Со прераснувањето на Народниот музеј во Завод за заштита на спомениците на културата, природните реткости и Музеј во 1981 година, освен музејската дејност институцијата врши и заштитна дејност.

Моментално во рамките на Завод и музеј - Прилеп работат следните одделенија:

Одделение за Историја

Одделение за Архитектура

Одделение за Историја на уметност

Оддление за етнологија

Музеј за тутун

Активности од областа на заштитната дејност:

Евиденција и увид во состојбата на недвижното и движно културно богатство;
Истражување и изработка на проекти за изведување на заштитни интервенции на недвижното и движно културно богатство;
Превентивни заштитни интервенции на недвижното и движно културно богатство;
Конзерваторско реставраторски работи на недвижното и движно културно богатство;
Учество во поставување на тематски постојани и повремени изложби;
Публикување на стручни трудови;

Завод и Музеј Прилеп располага со своја интерна библиотека со богат фонд на стручна литература, како и фото лабораторија која е мошне важна помошна техничка служба при активностите на вработените во институцијата. Во 1961 година поставена е Постојана изложба со археолошки предмети, која повремено се обновува. Во рамките на Завод и Музеј работат Меморијалниот музеј "11 Октомври 1941", Меморијалниот музеј "Кузман Јосифоски - Питу" и Музејот за тутун.
Прв директор на Народниот Музеј од неговото основање па се до 1980 година е др. Бошко Бабиќ, дипл. историчар на уметност.